ビーカー内に落ちてくる原子を操作し、さまざまな分子を作成するパズルゲーム。ゲームをスタートすると、画面上部から「H(水素)」「O(酸素)」「C(炭素)」といった「原子」が落ちてくる。原子をうまく並べて、「HH(水素)」「CO(一酸化炭素)」のような「分子」の配列に並べると消去できる。分子にできなかった原子はビーカー内にたまり、溢れてしまうとゲームオーバーとなる。
二つの原子で構成される分子だけでなく、「OCO(二酸化炭素)」「HONO(亜硝酸)」といった三つ以上の原子で構成される分子も作成できる。原子を縦か横の一列に並べると分子を作成できるが、「HOH(水)」のような折れ線構造の分子であれば、「HO」の上に「H」を置く変則的な配置も可能だ。4個以上の原子を組み合わせる複雑な分子構造は、できるだけ構造式に近い形にするのが基本。特殊な反応として、水素を正方形またはT字型に4個集めると「水素核融合」が発生するというものもある。
画面右側には、次に落下してくる原子や指令などが表示される。指令は「●●を発生させる」「8連鎖させる」といったランダムなミッションで、成功させるとボーナス得点が入る。
ゲームで重要になるのが「落下抑制度」と「エネルギー操作」。落下抑制度は原子の落下を抑制する度合いで、数値が高いほどゆっくりと落下し、次の手が考えやすい。通常「1000」から始まり、分子を作成するごとに徐々に減少する。連鎖を成功させると抑制度を上げられる。
エネルギー操作では、5連鎖以上するか水素核融合を起こすと、「エネルギー」をためることができる。エネルギーを一定以上ためると、炭素を窒素に変換したり、ダイヤモンドを炭素に変更するといった操作が可能になる。エネルギーを得点に変換したり、落下抑制度を一定量だけ回復させたりできる。
ゲームモードは、「通常モード」と「ノルマモード」の2種類。ノルマモードは、作成する分子が最初から決まっているミッション形式のゲームで、作成しなければならない分子のヒントと、落ちてくる原子の種類や数が最初に表示され、正解の分子を作成するとステージクリアとなる。ノルマモード全30ステージをクリアすると、好みのステージを自作できる「ステージエディタ」を使えるようになる。通常は、ゲームオーバーになるまで無制限に分子を作るが、1分間の時間制限がある「タイムマッチ」でプレイすることも可能だ。